苏州眼科医院高度重视学科建设，形成了以眼科为核心、多亚专科协调发展的学科体系。

医院设有近视手术、白内障、青光眼、眼底病、角膜病、小儿眼科等多个专业学科，各学科技术水平处于省内领先地位。

医院积极推进学科创新，引进国际先进的眼科技术和设备，培养高层次眼科人才，努力打造国内一流的眼科医学中心。